По сути, вся эта очистка сделана именно из-за iCloud и синхронизации по WiFi. В первом случае, место стоит денег, а во-втором – теряется драгоценное время и садится батарея. Ну и да, это причина того, что Instapaper чудесным образом теряет кэш. В общем, не переживайте, ваш телефон сам себя почистит… осталось только дождаться когда он вам будет по утрам делать кофе.